Die Kirchenkreissynode ist das Parlament des Kirchenkreises. Die 74 Mitglieder der Kirchenkreissynode Harlingerland kommen aus den 28 Gemeinden. Außerdem gehören zu ihr die Superintendentin Eva Hadem, ihre beiden Stellvertreter*innen und bis zu 12 berufene Mitglieder. Die Kirchenkreissynode kommt 3 bis 4 mal im Jahr zusammen. Sie entwickelt Leitlinien für die übergemeindliche Arbeit im Kirchenkreis, erarbeitet und beschließt den Stellenrahmenplan und den Kirchenkreis-Haushalt und stellt Grundsätze zur Verteilung der Kirchenkreis-Geldmittel auf.